16c325afa3ca0dac507f158542c735461a902d06,bin/basenji_sad_multi.py,,main,#,40

Before Change

  parser.add_option("-f", dest="genome_fasta",
      default="%s/data/hg19.fa" % os.environ["BASENJIDIR"],
      help="Genome FASTA for sequences [Default: %default]")
  parser.add_option("--local",dest="local",
      default=1024, type="int",
      help="Local SAD score [Default: %default]")
  parser.add_option("-n", dest="norm_file",
      default=None,
      help="Normalize SAD scores")
  parser.add_option("-o",dest="out_dir",

After Change

  parser.add_option("--cpu", dest="cpu",
      default=False, action="store_true",
      help="Run without a GPU [Default: %default]")
  parser.add_option("-e", dest="conda_env",
      default="tf2.2-gpu",
      help="Anaconda environment [Default: %default]")
  parser.add_option("--name", dest="name",
      default="sad", help="SLURM name prefix [Default: %default]")
  parser.add_option("--max_proc", dest="max_proc",
      default=None, type="int",

Instances